11 сентября 1943 года В Новосибирске после экзаменов в Институт инженеров железнодорожного транспорта был арестован. Первое время находился в Новосибирске. Через два дня отправили в Москву, потом привезли на Лубянку. Следствие шло шесть месяцев. Шел апрель 1945 года. Присудили 58 статью, и трибунал дал 10 лет. Перевод в Бутырскую тюрьму. 1944 - 1949 годы Новосибирские лагеря. После приговора военного трибунала в 1944 г. П. Г. Кузнецов был направлен в 3-е лаготделение Новосибирских лагерей, где работал на обслуживании авиазавода им. В.П.Чкалова. Здесь в это же время работал Р. О. ди Бартини, с которым П. Г. Кузнецов сотрудничал в 70-х годах. Затем П. Г. Кузнецов был переведен в 4-е лаготделение Новосибирских лагерей, работал на Новосибирском радиозаводе. Вскоре его вновь перевели в 3-е лаготделение. Именно в этот период впервые возникла идея о роли митогенетического излучения. П. Г. Кузнецов работал в Бюро изобретателей. Получил репутацию, а затем и квалификацию инженера-химика.
В начале 1949 г, его как инженера-химика переводят в Москву, в Бутырскую тюрьму. Но выясняется, что он радиационной химией не занимается. В 1949 г. предложил хемилюминесцентный спектральный анализ излучения крови, исходя из идеи, что митогенетическое излучение связано с кровью, а оно ультрафиолетовое. П.Г.Кузнецов предложил спектр ультрафиолетового излучения направлять на экран фотокатодов фотоэлектронного микроскопа, а когда падающие фотоны вырывают фотоэлектроны, они разгоняются, и на люминесцентном экране получаются спектры. 1949 - 1954 годы Норильские лагеря.
7 мая 1949 г. его отправляют в Красноярск в пересыльную тюрьму «Енисей». 30 мая группу заключенных погрузили на баржу, которая по Енисею направлялась в Дудинку. Оттуда уже в июне 1949 г. он прибыл во 2-е отделение Нориллага в г.Норильске. Работал заведующим медпунктом на строительстве обогатительной фабрики (начальником строительства был Логинов Борис Алексеевич, в настоящее время Президент клуба "69 параллель", ему 92 года). Затем П. Г. Кузнецова переводят в 1-е отделение на Медвежий ручей. Весной 1950 г. по собственному желанию он переводится фельдшером на Каларгон, в 16 км от Норильска.
В конце 1950 г. его переводят в 6-е лаготделение Норлага, Которое обслуживало ОМЦ - опытный металлургический цех. Примерно в это время, при поддержке ссыльного доктора химических наук Якова Моисеевича Фишмана, П.Г.Кузнецов выдвинул идею химической теории флотации. (…Фишман был создателем первого русского противогаза вместе с академиком Зелинским в период Первой мировой войны, до ареста в 1938 г. был начальником Химического управления РККА). Здесь Кузнецов проработал до декабря 1951 года. Затем его переводят в Горлаг, где он работал в качестве фельдшера до лета 1953 г. Следующее место в Озерлаге в Тайшете, где он работал также фельдшером.
Февраль 1954 года Освобождение из заключения. П. Г. Кузнецов был привезен из Тайшета в пересыльную тюрьму г.Красноярска. Здесь ему выдали "вид на жительство" - документ, заменяющий паспорт. Он получил официальный статус бессрочного ссыльного и был направлен на поселение и работу в село Казачинское, расположенное в 200 км к северу от Красноярска. Должен был ежемесячно являться для отметки в местные органы милиции. Здесь он окончил курсы трактористов и был оформлен в качестве тракториста Казачинской МТС. У трактора СТЗ, на котором он работал, лопнула правая полуось, и на его стопу наехала гусеница. Возник тяжелый отек, но инвалидом его не признали и послали на посевную. Когда в очередной раз явился на отметку, его признали больным и отпустили в Красноярск. Во время работы в селе Казачинском летом 1954 г. подготовил письмо о проблеме жизни и отослал в Институт философии АН СССР в Москву, подписав его "тракторист Кузнецов".